Rnote, notelab, notekit 정도를 알고 있는데

Rnote는 빌드를 따로 해줘야 해서 좀 귀찮지만 연속 사용에 대한 정리가 잘 되는 편이고

notelab은 다운로드 받고 압축해제 후 스크립트로 실행하는 것이라 가볍고 pdf를 읽어와
그 위에 노트할 수 있어 좋은데 UI가 좀 구식 입니다.

마지막으로 notekit 은 형제 appimage 포맷으로 제공되어서 사용이 간편하고 가볍고 ui도 나름 괜찮습니다.
펜으로 사용하다 텍스트로의 전환도 편하고 좋은데 저장소 지정이 안되는 관계로 애로사항이 있습니다.

개인적으론 구식이지만 notelab을 사용하고 있긴 한데 한번 검색해 보시고 본인 취향에 맞는 것을 찾아보셔요.