flatpak override 명령어를 이용해서 해당 앱의 환경변수를 지정해 주는 것도 한 방법이 될 것 같습니다.
터미널을 열고 flatpak list 엔터하여 설치된 앱의 풀네임을 확인해 주고 아래 예시에 본인 상황에 맞게 변경하고
터미널에 입력 후 엔터하여 적용하시면 됩니다.

예시는 풀네임이 com.github.aaa.bbbb 란 앱의 환경설정에 nimf 입력기를 적용하는 것에 대한 것 입니다.

flatpak override --env=GTK_IM_MODULE=nimf --env=XMODIFIERS=@im=nimf --env=QT_IM_MODULE=nimf com.github.aaa.bbbb

앱에 따라 변수 적용 후에도 안되는 경우가 많아서 ibus 나 fcitx 같은 입력기를 설치 후 nimf를 대체하여 사용하는 경우도 있는데
이것들도 되는 것 안되는 것이 있어서 문제가 해결 된다고 확언 하기는 힘들 것 같네요. 보통은 ibus가 한글입력이 적용되는 앱 종류가
많다고 알고 이는데 어떨지 모르겠네요.

마지막으로 flatpak 을 통한 앱 설치를 많이 이용한다면 Flatseal 를 설치하는 것을 추천 드립니다.
flatpak 으로 설치된 앱의 환경을 GUI를 통해 더 쉽게 변경 가능합니다.

링크 : https://flathub.org/ko/apps/com.github.tchx84.Flatseal