다른 건 모르겠습니다만, 미도리 쪽은 gtk버전이 낮아서 문제가 생길 수도 있습니다.

각각 해당 공식 홈페이지를 통해서 deb파일을 다운받아서 설치하셨다면 삭제하셨다가, 우분투 공식 패키지로 변경해서 다시 재설치해보시기 바랍니다. (페일문은 없군요.)

sudo apt-get install midori qupzilla