CPU: L5639 (2.4Ghz, 12core
RAM: 48GB
HDD: 2tb
SDD: 512GB
위 조건으로 중고제품 사다가 그리고 주워다가 조립해서 쓰고 있습니다.
지금까지 해보니까 300GB정도되는 Hiseq파일 정도는
de novo assembly시 (CLC genomics workbench)
강제종료 안당하고 잘 돌아가는것 같긴 합니다.
취미로 SLR (open DB for NGS)에서 데이터 받아다가 해보곤 하는데요.
아무튼 시간나거나하면 tuxedo protocol을 이용한 RNA seq분석이나
Kallisto 같은 프로그램 사용 및 결과 분석 시간나면 짧게 짧게 올려볼까하는데 이런곳에 올려봐도 될까요
하모니카 리눅스를 분석용으로 잘 활용하시는 분들이 의외로 많네요.
저도 개인적으로 데이터 분석용으로 하모니카 리눅스를 메인 용도로 사용하고 있습니다.
윈도우즈에서도 물론 잘 되지만, 하모니카 리눅스에서도 잘 되어서, 익숙한 하모니카 리눅스에서 주로 데이타 분석 목적으로 잘 사용하고 있습니다. 워낙 데이타 량이 광범위하고 빠르고 정확한 처리가 필요한 분야라서 윈도우즈보다는 안정적인 리눅스를 사용하는 것을 선호합니다. 왜 그런지는 사용해보면 압니다. 리눅스 매니아라서 그런 것이 아니라 실제로 데이타 처리 분야는 리눅스로 사용하시는 것이 가장 좋습니다.
분석용으로 사용하시는 분들 각자 분야별로 공개되어서는 안 되는 데이타를 당연히 스스로 보호하시고 전체적으로 공개해도 되고, 나누실 의향이 있으신 자료에 한해서 이런 곳에 공유한다면 (전체적인 맥락이라도) 비슷한 것들을 분석용으로 사용하시려는 분에게 많은 도움이 될 것이라 보입니다.
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Sketchbook5, 스케치북5
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반갑습니다.^^
생물학 분야는 아니지만 저도 분석쪽에 관심이 많아 OpenCV + Eclipse등 각종 라이브러리로 이것저것 해보고 있는데요
분석프로그램이나 분석 결과 공유해주심 열심히 배워보고 싶습니다~^^ 정말요~^^
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아래는 하모니카에서 opencv + eclipse 설치 하기 입니다.
1. 소스설치로 개발환경 구성 방법
sudo apt-get install eclipse*
opencv 설치
2. 소프트웨어 패키지 설치로 개발환경 구성 방법
$ sudo apt-get install libopencv-dev build-essential checkinstall cmake git pkg-config \
yasm libtiff4-dev libjpeg-dev libjasper-dev libavcodec-dev libavformat-dev \
libswscale-dev libdc1394-22-dev libxine-dev libgstreamer0.10-dev libgstreamer-plugins-base0.10-dev \
libv4l-dev python-dev python-numpy libtbb-dev libqt4-dev libgtk2.0-dev libfaac-dev libmp3lame-dev \
libopencore-amrnb-dev libopencore-amrwb-dev libtheora-dev libvorbis-dev libxvidcore-dev x264 v4l-utils \
libvtk5-qt4-dev libqt4-opengl-dev libopenexr-dev python-tk libtbb-dev libeigen3-dev libx264-dev libqtwebkit-dev doxygen
$ sudo apt-add-repository ppa:mc3man/trusty-media
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install ffmpeg gstreamer0.10-ffmpeg