QuickMIRSeq라는 프로그램을 설치하고 이용하려고 하는데
소스로 지에 있는 가이드대로 하고 테스트를 하려고 하는 데 있어야 하는 파일이 다 있어도
없는 파일이나 디렉터리라고 뜨는데 어떻게 해결해야 될까요??
OS 는 centos7 사용중입니다
QuickMIRSeq라는 프로그램을 설치하고 이용하려고 하는데
소스로 지에 있는 가이드대로 하고 테스트를 하려고 하는 데 있어야 하는 파일이 다 있어도
없는 파일이나 디렉터리라고 뜨는데 어떻게 해결해야 될까요??
OS 는 centos7 사용중입니다
감사합니다!!
안녕하세요 JamesBae입니다.
우선 어느 단계에서 막힌 것인지 정확히 말씀해 주셔야 정확하게 답변을 드릴 수 있습니다.
터미널에서 보이는건 3번째 단계인 database와 관련된 부분인 것 같은데
앞에서의 내용을 정확하게 진행하시지 않았다면 특정 파일이나 폴더가 생성되지 않을 수 있습니다.
또는 경로에 따른 문제일 수도 있겠네요
우선 1단계인 Prerequisites 부터 천천히 설명드리겠습니다.
1. bowtie 다운로드
압축된 파일로 되어있으며 안에 실행파일이 있는 것으로 보아 /usr/local/bin과 같은 입력할 수 있는 경로에 옮겨야 하는 것으로 보입니다.
2. cutadapt 패키지를 설치
파이썬 pip 명령어 사용이 가능하다면 쉽게 설치할 수 있습니다.
pip install cutadapt
3. perl 명령어 실행이 잘되는지 확인
아래의 펄 명령어를 터미널에 그대로 쳐서 아무 메세지가 나오지 않으면 정상이고 에러가 난다면 설치해야합니다.
perl -e "use Config::Simple"
perl -e "use Parallel::ForkManager"
perl -e "use Compress::Zlib"
perl -e "use MIME::Base64"
설치
sudo cpan install Config::Simple
sudo cpan install Parallel::ForkManager
sudo cpan install Compress::Zlib
sudo cpan install MIME::Base64
4. R패키지 설치
먼저 R을 설치하고 R터미널에서 해당 패키지들을 설치해주시면
R 터미널 안에서
install.packages("reshape2")
install.packages("ggplot2")
install.packages("latticeExtra")
install.packages("scales")
2단계는 Install QuickMIRSeq package 과정입니다.
1. 먼저 파일을 다운받고 압축을 풀어줍니다.
2. 압축파일을 푼 폴더 경로를 환경변수로 설정합니다.
(터미널에 입력할 경우 해당 터미널만 환경변수가 적용된 상태로 재부팅시 초기화 됩니다.)
export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq
export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH
확인
echo $PATH
3단계는 데이터베이스 준비인 Preparation of miRNA/hairpin/mRNA/smallRNA database 입니다.
1. 먼저 $PATH/database 경로로 이동해줍니다.
cd $PATH/database
2. create_database_util.sh 실행권한을 추가합니다.
chmod +x create_database_util.sh
3. 실행합니다.
./create_database_util.sh
위에서 나오는 오류와 같이 저런 메세지가 나온다면
export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq
export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH
일회성 환경변수 설정이 풀린것으로 보이는데
echo $PATH 통하여 환경변수가 정상적으로 입력이 되어있는지 확인바랍니다.
또한 1단계에서 다운받았던
bowtie 압축파일안에 있는 실행 파일들 또한 /usr/local/bin 등의 bin 폴더에 이동시키고 실행해주시기 바랍니다. (설치시 필요하네요)
감사합니다.
(설치에 오래걸려 테스트하는 용도로만 실행해 보았습니다.)
설명해주신대로 해서 위치를 수정해서 파일이 없다는 결과는 안뜨는데 허가거부가 뜨네요
chmod로 권한설정을 해주어도 저러는데 어떤게 문제일까요 ㅠㅠ
허가 거부되는 파일에 권한을 다 줘서 해결했어요! 도움주셔서 감사합니다!!
처음부터 차근차근 다시하고 권한을 다 주었더니 해결했습니다! 감사합니다!
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정확히는 모르겠지만 스크립트는 제대로 실행된 것 같고 마지막 스샷에 나와 있는 것처럼
지정된 위치에 파일이 없어서 진행이 안되는 것 같네요.
환경지정할 때 프로그램 폴더 위치를 정확하게 하셨는지 확인해 보셔야 할 것 같습니다.
보통은 파일매니저로 홈 폴더로 복사한다고 하여도 절대위치론 /root/home/로그인이이디/ 식으로 가지기 때문에
디렉토리 주소가 /root/home/로그인아이디/QuickMIRSeq 로 진행 되어야 할 것 같은데.....
스샷은 그렇지 않은 것 같으니 해당 부분을 한번 더 확인해 보셔요.