ibus와 fcitx는 특이하게도 시스템에 뭔가 많이 남기는 구조입니다.
fcitx는 키보드 레이아웃에 Hangul이라는 fcitx가 쓰는 한국어 레이아웃을 남기고(KR101/104 레이아웃과 다른 녀석입니다.) ibus는 Gnome과 관련해서 많이 엉킨구조라 여기서 고생하실 수 있습니다. (간혹 ibus를 지웠더니 Gnome의 일부 컴포넌트가 함께 지워지는 현상이 있습니다.)

fcitx설치했다가 kime로 넘어갔었는데 저 키보드레이아웃 설정에서 달라진걸 모르고 고생했었습니다. 우분투에서 ibus는 뭐... 완벽히 지울수없는 구조구요.

개인적으로 딱히 문제가 없다면 그냥 쓰는걸 추천드리고 싶습니다. 다만 꼬인것을 잘 풀어내실수 있다면 지우셔도 크게 문제없을것이라 생각됩니다.