일단 이건 단순 아이디어이고 해봐야 아는 것인데 일단 카카오톡의 기본 폰트 설정은 맑은 고딕이고 없으면 MeiryoUI를 쓰게 되어있습니다.

즉, 이모지는 따로 설정되어있지 않습니다. 그런데 Wine은 폰트링크기능시 썩 좋지 않습니다. Unity3D로 된 게임을 하다보면 굴림이든 맑은고딕이든 시스템폰트로 링크가 걸려야하는데 이부분이 되지 않아 한글이 네모로 나오는 경우가 허다합니다.
저는 이럴때 게임데이터를 뜯어서 TTF파일을 한글폰트(나눔바른고딕, 스포카 한 산스 등)으로 바꿔버립니다. 제일 확실하거든요.

그렇다는 것은... Wine으로 돌아가는 카카오톡도 가짜 맑은 고딕을 만들고 그 맑은 고딕에 Emoji https://github.com/googlefonts/noto-emoji/tree/main/fonts 를 Merge해서 설치하면 카카오톡의 Emoji문제를 해결할수 있지 않을까 생각합니다.

이전에 가짜굴림을 만든적이 있고 https://moordev.tistory.com/176
여기에 Fontforge로 폰트를 합치는 것도 어렵지 않을것 같으니 이렇게 만들어진 가짜 맑은 고딕을 카카오톡의 Wine prefix에 설치하면 Emoji도 함께 뜨지 않을까 생각합니다. 아니면 무식하긴하지만 Noto를 통째로 맑은 고딕이나 Arial로 인식 시켜서 쓰는것도 방법이겠고요.