sh 실행방법 문의 드립니다!

정확히는 모르겠지만 스크립트는 제대로 실행된 것 같고 마지막 스샷에 나와 있는 것처럼

지정된 위치에 파일이 없어서 진행이 안되는 것 같네요.

환경지정할 때 프로그램 폴더 위치를 정확하게 하셨는지 확인해 보셔야 할 것 같습니다.

보통은 파일매니저로 홈 폴더로 복사한다고 하여도 절대위치론 /root/home/로그인이이디/ 식으로 가지기 때문에 

디렉토리 주소가 /root/home/로그인아이디/QuickMIRSeq 로 진행 되어야 할 것 같은데.....

스샷은 그렇지 않은 것 같으니 해당 부분을 한번 더 확인해 보셔요.  

안녕하세요 JamesBae입니다.

우선 어느 단계에서 막힌 것인지 정확히 말씀해 주셔야 정확하게 답변을 드릴 수 있습니다.

터미널에서 보이는건 3번째 단계인 database와 관련된 부분인 것 같은데

앞에서의 내용을 정확하게 진행하시지 않았다면 특정 파일이나 폴더가 생성되지 않을 수 있습니다.

또는 경로에 따른 문제일 수도 있겠네요

우선 1단계인 Prerequisites 부터 천천히 설명드리겠습니다.

1. bowtie 다운로드

압축된 파일로 되어있으며 안에 실행파일이 있는 것으로 보아 /usr/local/bin과 같은 입력할 수 있는 경로에 옮겨야 하는 것으로 보입니다.

2. cutadapt 패키지를 설치

파이썬 pip 명령어 사용이 가능하다면 쉽게 설치할 수 있습니다.

pip install cutadapt

3. perl 명령어 실행이 잘되는지 확인

아래의 펄 명령어를 터미널에 그대로 쳐서 아무 메세지가 나오지 않으면 정상이고 에러가 난다면 설치해야합니다.

perl -e "use Config::Simple"

perl -e "use Parallel::ForkManager"

perl -e "use Compress::Zlib"

perl -e "use MIME::Base64"

설치

sudo cpan install Config::Simple

sudo cpan install Parallel::ForkManager

sudo cpan install Compress::Zlib

sudo cpan install MIME::Base64

4. R패키지 설치

먼저 R을 설치하고 R터미널에서 해당 패키지들을 설치해주시면 

R 터미널 안에서

install.packages("reshape2")

install.packages("ggplot2")

install.packages("latticeExtra")

install.packages("scales")

2단계는 Install QuickMIRSeq package 과정입니다.

1. 먼저 파일을 다운받고 압축을 풀어줍니다.

2. 압축파일을 푼 폴더 경로를 환경변수로 설정합니다.

(터미널에 입력할 경우 해당 터미널만 환경변수가 적용된 상태로 재부팅시 초기화 됩니다.)

export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq

export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH

확인

echo $PATH

3단계는 데이터베이스 준비인 Preparation of miRNA/hairpin/mRNA/smallRNA database 입니다.

1. 먼저 $PATH/database 경로로 이동해줍니다.

cd $PATH/database

2. create_database_util.sh 실행권한을 추가합니다.

chmod +x create_database_util.sh

3. 실행합니다.

./create_database_util.sh

위에서 나오는 오류와 같이 저런 메세지가 나온다면

export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq

export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH

일회성 환경변수 설정이 풀린것으로 보이는데

echo $PATH 통하여 환경변수가 정상적으로 입력이 되어있는지 확인바랍니다.

또한 1단계에서 다운받았던

bowtie 압축파일안에 있는 실행 파일들 또한 /usr/local/bin 등의 bin 폴더에 이동시키고 실행해주시기 바랍니다. (설치시 필요하네요)

감사합니다.

(설치에 오래걸려 테스트하는 용도로만 실행해 보았습니다.)