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QuickMIRSeq라는 프로그램을 설치하고 이용하려고 하는데
소스로 지에 있는 가이드대로 하고 테스트를 하려고 하는 데 있어야 하는 파일이 다 있어도
없는 파일이나 디렉터리라고 뜨는데 어떻게 해결해야 될까요??
OS 는 centos7 사용중입니다

캡처1.JPG

 

캡처.JPG

 

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    마이쮸가이 2023.02.02 18:00

    정확히는 모르겠지만 스크립트는 제대로 실행된 것 같고 마지막 스샷에 나와 있는 것처럼

    지정된 위치에 파일이 없어서 진행이 안되는 것 같네요.

    환경지정할 때 프로그램 폴더 위치를 정확하게 하셨는지 확인해 보셔야 할 것 같습니다.

    보통은 파일매니저로 홈 폴더로 복사한다고 하여도 절대위치론 /root/home/로그인이이디/ 식으로 가지기 때문에 

    디렉토리 주소가 /root/home/로그인아이디/QuickMIRSeq 로 진행 되어야 할 것 같은데.....

    스샷은 그렇지 않은 것 같으니 해당 부분을 한번 더 확인해 보셔요.  

     

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    엠쥐 2023.02.07 09:51

    감사합니다!!

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    JamesBae 2023.02.02 18:24 Files첨부 (1)

    안녕하세요 JamesBae입니다.

     

    우선 어느 단계에서 막힌 것인지 정확히 말씀해 주셔야 정확하게 답변을 드릴 수 있습니다.

    터미널에서 보이는건 3번째 단계인 database와 관련된 부분인 것 같은데

    앞에서의 내용을 정확하게 진행하시지 않았다면 특정 파일이나 폴더가 생성되지 않을 수 있습니다.

    또는 경로에 따른 문제일 수도 있겠네요

     

    우선 1단계인 Prerequisites 부터 천천히 설명드리겠습니다.

     

    1. bowtie 다운로드

    압축된 파일로 되어있으며 안에 실행파일이 있는 것으로 보아 /usr/local/bin과 같은 입력할 수 있는 경로에 옮겨야 하는 것으로 보입니다.

     

    2. cutadapt 패키지를 설치

    파이썬 pip 명령어 사용이 가능하다면 쉽게 설치할 수 있습니다.

    pip install cutadapt

     

    3. perl 명령어 실행이 잘되는지 확인

    아래의 펄 명령어를 터미널에 그대로 쳐서 아무 메세지가 나오지 않으면 정상이고 에러가 난다면 설치해야합니다.

    perl -e "use Config::Simple"

    perl -e "use Parallel::ForkManager"

    perl -e "use Compress::Zlib"

    perl -e "use MIME::Base64"

     

    설치

    sudo cpan install Config::Simple

    sudo cpan install Parallel::ForkManager

    sudo cpan install Compress::Zlib

    sudo cpan install MIME::Base64

     

    4. R패키지 설치

    먼저 R을 설치하고 R터미널에서 해당 패키지들을 설치해주시면 

    R 터미널 안에서

    install.packages("reshape2")

    install.packages("ggplot2")

    install.packages("latticeExtra")

    install.packages("scales")

     

    2단계는 Install QuickMIRSeq package 과정입니다.

     

    1. 먼저 파일을 다운받고 압축을 풀어줍니다.

     

    2. 압축파일을 푼 폴더 경로를 환경변수로 설정합니다.

    (터미널에 입력할 경우 해당 터미널만 환경변수가 적용된 상태로 재부팅시 초기화 됩니다.)

    export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq

    export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH

     

    확인

    echo $PATH

     

    3단계는 데이터베이스 준비인 Preparation of miRNA/hairpin/mRNA/smallRNA database 입니다.

     

    1. 먼저 $PATH/database 경로로 이동해줍니다.

    cd $PATH/database

     

    2. create_database_util.sh 실행권한을 추가합니다.

    chmod +x create_database_util.sh

     

    3. 실행합니다.

    ./create_database_util.sh

     

    위에서 나오는 오류와 같이 저런 메세지가 나온다면

    export QuickMIRSeq=/home/$USER/Downloads/QuickMIRSeq

    export PATH=$QuickMIRSeq:$PATH

    일회성 환경변수 설정이 풀린것으로 보이는데

    echo $PATH 통하여 환경변수가 정상적으로 입력이 되어있는지 확인바랍니다.

     

    또한 1단계에서 다운받았던

    bowtie 압축파일안에 있는 실행 파일들 또한 /usr/local/bin 등의 bin 폴더에 이동시키고 실행해주시기 바랍니다. (설치시 필요하네요)

     

    감사합니다.

     

    (설치에 오래걸려 테스트하는 용도로만 실행해 보았습니다.)

    001.png

     

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    엠쥐 2023.02.06 09:28 Files첨부 (1)

    설명해주신대로 해서 위치를 수정해서 파일이 없다는 결과는 안뜨는데 허가거부가 뜨네요

    chmod로 권한설정을 해주어도 저러는데 어떤게 문제일까요 ㅠㅠ

    캡처.JPG

     

  • ?
    Moordev 2023.02.06 14:02
    mirnaSelect.pl 파일에도 실행권한을 줘보시겠어요?
  • ?
    엠쥐 2023.02.07 09:51

    허가 거부되는 파일에 권한을 다 줘서 해결했어요! 도움주셔서 감사합니다!!

  • ?
    엠쥐 2023.02.07 09:52

    처음부터 차근차근 다시하고 권한을 다 주었더니 해결했습니다! 감사합니다!


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