가능하면 전 저장소에 있는걸 추천합니다.
Flatpak이 그 다음이고 공식홈페이지가 마지막입니다.
라이브러리 호환문제가 있을 수 있거든요. 하모니카는 사실 라이브러리버전이 낮은 편입니다. 그에비해 공식홈페이지는 최신라이브러리를 요구하는 경우가 많습니다.

Flatpak은 라이브러리를 포함해서 설치하기 때문에 그 문제가 없지만 한글입력등에서 문제가 일어나곤합니다.
다만 최신버전이 필요하다면 이쪽이 더 나을겁니다.